Fraunhofer-Institut für Algorithmen und Wissenschaftliches Rechnen SCAI

Wissenschaftliche Kooperationspartner

Fraunhofer-Institut für Algorithmen und Wissenschaftliches Rechnen SCAI, Sankt Augustin
Fraunhofer-Institut für Intelligente Analyse- und Informationssysteme IAIS, Sankt Augustin
Fraunhofer-Institut für Molekularbiologie und Angewandte Oekologie IME, Hamburg
ZB MED – Informationszentrum Lebenswissenschaften, Köln
Luxembourg Centre for Systems Biomedicine (LCSB) an der Université du Luxembourg

Phase 1:

Fraunhofer und ZBMED starten Kooperation

Die Fraunhofer-Institute SCAI, IAIS und IME arbeiteten gemeinsam am sogenannten PHARMACOME-Ansatz und hatten nicht vor, in den Bereich der Virologie einzusteigen. Als jedoch COVID-19 auftauchte, rief Professorin Juliane Fluck vom Deutschen Informationszentrum für Biowissenschaften (ZBMED) in Köln dazu auf, gemeinsam mit dem Aufbau von Workflows zur Informationsextraktion zu beginnen, die der Biologie und Pathophysiologie von SARS-CoV-2 gewidmet sind. Ein Hauptaugenmerk lag dabei auf der Identifizierung von chemischen Verbindungen und Arzneimittelkandidaten für die Behandlung der Erkrankung.

Phase 2:

Finanzielle Unterstützung für die Kooperation von IME und SCAI

Fraunhofer IME ist beteiligt an Exscalate4CoV, einem EU-geförderten Projekt zur Identifizierung von Arzneimittelkandidaten, die zur Behandlung von COVID-19 eingesetzt werden können. Das Fraunhofer IME hatte ein großes Interesse an der chemischen Text-Mining-Expertise von SCAI, da es eine wahre Flut von Publikationen gibt, die sich mit potenziellen Kandidaten für die Neuverwendung von Arzneimitteln beschäftigen.

Die Fraunhofer-Zentrale in München schlug den beiden Instituten daher vor, ihre Erfahrung beim Aufbau eines PHARMACOME zu nutzen und ihr Know-how für den Kampf gegen SARS-CoV-2 einzusetzen, und förderte diese Zusammenarbeit.

Phase 3:

Erweiterte Zusammenarbeit mit internationalen Partnern

Um die Möglichkeiten und Kapazitäten der automatisierten Informationsextraktion (Text Mining; Extraktion aus Tabellen; Extraktion aus Bildern) EU-weit nutzbar zu machen, unterstützte die Fraunhofer-Zentrale die Partner, um eine internationale Zusammenarbeit mit führenden Gruppen in Europa im Bereich Text Mining aufzubauen. Dies ermöglichte die Erweiterung der Kooperation um Partner in Luxemburg (Dr. Reinhard Schneider, LCSB Luxemburg), allesamt Experten auf dem Gebiet des Text Mining. Ziel der Kooperation ist die Verbesserung des Informationsextraktions-Workflows, um die besten Wissensgraphen und PHARMACOMES zu Krankheiten zu erstellen.